La Laguna de Alchichica constituye un ecosistema de gran valor paisajístico y ecológico, guarda especies endémicas como el Ajolote de Alchichica (Ambystoma taylori); única en el planeta.
La Secretaría de Medio Ambiente, Desarrollo Sustentable y Ordenamiento Territorial (SMADSOT) trabaja en un plan para ordenar las actividades económicas y turísticas en la Laguna de Alchichica con el objetivo de proteger la vida del charal y el ajolote endémicos, únicos en el mundo por habitar un cuerpo de agua salado.